Среднее царство начинается с 2060 года до н.э., с конца 11 династии. Фараон Ментухотеп 1, опираясь на египетскую буржуазию, восстановил власть над Нижним Египтом. В царстве его преемников — Ментухотепа 2 и Ментухотепа 3 — оживляется торговля, открываются торговые пути к Красному морю, и возобнавляется политика экспансии в отношении Нубии.

К 2000 году до н.э. появляется 12 династия, одна из знаменитийших и могущественных династий в истории Египта. Ее основатель Аменемхет 1 возвышает культ Амона и возводит его в ранг главного божества. Он искусный правитель, при нем Египет переживает очередной период расцвета. Что касается внешней политики, Аменемхет расширяет границы Египта до центра Нубии, приблизившись к Короско, и развязывает войну против Ливии. Ему наследует его сын Сесострис 1. Он завладевает золотыми рудниками Уади Аллаки. Чтобы закрепить продолжение династии, он возводит на трон вместе с собой своего старшего сына; все его преемники будут следовать его примеру.

О его наследниках — Аменемхет 2 и Сесострисе 2 — имеется мало сведений. Известно только, что они установили торговые связи с Финикией и покровительствовали Фаюмскому району, где Аменемхет 3 прикажет построить роскошный дворец, такой сложный, что греки назовут его «Лабиринтом». Сесострис 3, наследник Аменемхета 3, был одним из самых прославленных правителей Египта. Он провел четыре военных похода против Нубии, превратил ее в колонию, а затем продвинулся до Палестины и приказал построить многочисленные крепости вдоль границы с Суданом. В эту эпоху бурно расцветает культура, появляются знаменитые литеротурные произведения, такие как Книга двух путей и заветы Аменемхета.

12 династия завершает эпоху Среднего царства; начинается второй переходный период, который до сегодняшних дней остается наименее исследованным и полным неясности. Он характеризуется вторжением инородцев семитской расы, пришедших с востока Дельты. Жрец Манефон из Себеннита, написавший на греческом языке историю Египта, озаглавленную Памятные собятия Египта, называет их гиксосами — искаженное египетское слово «хекахасут», что значит «правители других стран». Они заполнили плодородные долины Дельты и воздвигли город Аварис, ставший их столицей. Победа гиксосов над египтянами была, видимо, довольно легкой не только потому, что они столкнулись с уже ослабевшим правительством, но потому, главным образом, что их военная мощь значительно превосходила египетскую: действительно, у них уже было железное оружие и конные колесницы,совершенно не известные египтянам. Гиксосы оккупировали Египет в течении примерновека. Затем фиванские князья объединились с другими династиями Верхнего Египта и разбили армию захватчиков.

Война за независимость закончилась к 1622 году до н.э. под руководством Ахмоса, основателя 18 династии, который преследовал врагов до южных границ Палестины и объединил весь Египет под своим владычеством.